Nach einem Streit mit der Vereinsführung des MTV 1879 München spalteten sich elf Fußballspieler ab und gründeten am 27. Februar 1900 unter Führung von Franz John (früher VfB 1893 Pankow) in der Schwabinger Gaststätte Gisela den FC Bayern München. Weitere, aus anderen Teilen des ehemaligen Deutschen Reiches gekommene Vorstandsmitglieder waren, J. Pollack (früher Freiburger FC 1897), P. Francke (früher FC Wacker 1895 Leipzig) und W. Focke (früher Bremer FV).
Da der Verein auf finanziell wackeligen Beinen stand, schloss er sich als Fußballabteilung 1906 dem Münchner SC an und nannte sich FC Bayern F.A.(Fußball Abteilung) im MSC München. Nach dem Ersten Weltkrieg fand beim Münchner SC kein Vereinsleben mehr statt, so dass sich der FC Bayern wieder ablöste und mit dem TV Jahn München zum TSV Jahn München fusionierte. Die Abteilung spielte aber weiterhin als FC Bayern, bis sie sich 1923 auch von dieser Fusion wieder löste und erneut den FC Bayern München als eigenständigen Verein bildete. 1932 konnte der erste von insgesamt 20 Meistertiteln gefeiert werden, als man in Nürnberg im Endspiel Eintracht Frankfurt besiegte. Mitglieder der Meistermannschaft waren Josef Lechler, Sigmund Haringer, Konrad Heidkamp, Robert Breindl, Ludwig Goldbrunner, Ernst Nagelschmitz, Josef Bergmaier, Franz Krumm, Oskar Rohr, Hans Schmidt und Hans Welkerd.
Mit der Machtübernahme der Nationalsozialisten endete die erste Glanzzeit der Bayern. Der langjährige Bayern-Präsident Kurt Landauer musste als Jude auf politischen Druck am 22. März 1933 zurücktreten und auch der Meistertrainer Richard Dombi (ebenfalls Jude) verließ im Frühjahr 1933 die Bayern Richtung Grasshoppers Zürich. Der Leistungsträger Oskar Rohr folgte im gleichen Jahr seinem ehemaligen Trainer in die Schweiz.
Nach Ausbruch des Zweiten Weltkrieges wurde eine Münchner Fußballrunde, aufgeteilt nach Stadtbezirken, eingeführt. Nachdem 243 Mitglieder des FC Bayern München vom Militär eingezogen wurden, bildete man mit dem FC Alte Haide die Spielgemeinschaft "Bezirk Schwabing". Der FC Bayern München war für die Mannschaftsaufstellung verantwortlich, die Heimspiele fanden aber auf dem Platz des FC Alte Haide an der Fröttmaninger Straße statt.
Bei Gründung der Bundesliga war der FC Bayern München nicht vertreten, 1965 stieg der Verein auf – er belegte am Saisonende den dritten Platz – und gehört seitdem der Bundesliga an. Er ist dort der erfolgreichste Verein (19 Bundesliga-Meistertitel, Platz eins in der ewigen Bundesligatabelle, Stand 05/2006).
Die Allianz Arena in München
In der Nacht zum 7. Januar 1966 wurde die neu gegründete Eishockeyabteilung des MEV 1883 München übernommen – die Eishockeymannschaft setzte die Saison unter dem Namen FC Bayern in der damaligen Oberliga (2. Spielklasse) fort und nahm 1967/68 und 1968/69 an der Bundesliga teil. Im Sommer 1969 wurde die Eishockeyabteilung wieder aufgelöst.
Am 14. Februar 2002 wurde der Großteil der Fußballabteilung in die neu gegründete FC Bayern München AG ausgegliedert. Unter deren Verantwortung steht nicht nur der Lizenzfußballbereich sondern auch die erste Amateurmannschaft, die A- und B-Junioren sowie die Frauenfußball-Abteilung.[1]
Im Frühjahr 2003 kam mit der Kirch-Affäre der wohl größte Skandal der Vereinsgeschichte ans Licht.
Der FC Bayern München trug seine Bundesligaspiele von 1965 bis 1972 im Grünwalder Stadion aus, von Mai 1972 bis Mai 2005 im Olympiastadion, seit der Spielsaison 2005/06 wird in der neugebauten Allianz Arena gespielt.
